Das musikalische Studium absolvierte er an den Hochschulen für Musik in Augsburg (4 Diplome) und München, die er mit drei Diplomen (Konzertfach Orgel, Kirchenmusik A und Meisterklassendiplom in Orgel) abschloss. Von 1984 bis 2001 war er Organist an der St.Martinskirche in Wangen/Allgäu, wo er neben seiner kirchenmusikalischen Tätigkeit ein umfangreiches Musikprogramm, wie zum Beispiel die „Internationalen Orgelkonzerte an St. Martin“ mit Gastorganisten aus aller Welt und Oratorienaufführungen betreute.
Im Jahre 1985 spielte er das gesamte Orgelwerk von Johann Sebastian Bach in 11 Konzerten. In den folgenden Jahren folgten Gesamtaufführungen der Werke von César Franck, Franz Liszt, Felix Mendelssohn Bartholdy, Wolfgang Amadeus Mozart, Johannes Brahms, Maurice Duruflé, sowie den grossen Orgelwerken von Max Reger, Marcel Dupré und Olivier Messiaen. Seine besondere Vorliebe gilt dem Studium Orgelwerke zeitgenössischer Komponisten. Zahlreiche, ihm gewidmete Werke wurden in ganz Europa uraufgeführt. Von 2001–2004 war er als Kirchenmusiker und Organist am Dom zu „Unserer lieben Frau“ in München tätig.
Seit 2004 ist Willibald Guggenmos Domorganist an der Kathedrale St. Gallen. Neben seinen liturgischen Verpflichtungen ist er auch künstlerischer Leiter der Internationalen Domorgelkonzerte und Dozent für Orgelspiel an der Musikakademie und der Diözesanen Kirchenmusikschule St.Gallen (dkms).
Als Organist konzertierte Willibald Guggenmos in nahezu allen Ländern Europas, in Island, Russland, USA, Kanada, Fernost, Australien, Neuseeland, China und den Westindischen Inseln. Hinzu kamen Gastspiele in den grossen Konzertsälen von Sydney, Liverpool, München, Philadelphia, Wellington (Neuseeland) und Hong Kong. Er gastierte in den Kathedralen von London (St.Paul’s), Sevilla, Kopenhagen, Uppsala, Lausanne, Grossmünster Zürich, Salamanca, Haarlem, Brüssel, Antwerpen, New York, Neapel, Köln, Warschau, Riga, Aosta, San Francisco, Sydney, Nassau-Bahamas, Barbados, Melbourne und Reykjavik und wurde wiederholt zu Festivals nach Spanien, Quincena Musical (San Sebastian), Brucknerfest (Linz), Finnland und Kanada (St. Joseph’s Oratoire Montreal) eingeladen.
Die Presse bescheinigt ihm „überragende Technik und hinreissende Musikalität“ (Bernhard Holland, Chefkritiker der „New York Times“). Zahlreiche Rundfunk-, Fernseh- und CD-Aufnahmen an bedeutenden Instrumenten (unter anderen an der Goll-Orgel der Stiftskirche Engelberg/Schweiz, der Cavaille-Coll Orgel in Azcoitia/ Spanien und der legendären William Hill Orgel der Townhall Sydney/Australien) dokumentieren sein breit gefächertes Repertoire.